研究增养殖水域中海洋生物与环境相互关系，具体研究在人为干扰下水域生态系统内在的变化机理、规律和对海洋生物乃至人类的效应，实现海水增养殖生物资源的可持续利用和寻求受损生态系统的恢复、重建和保护对策。以面向水产增养殖的生物环境生态为特色，在揭示生物与环境生态要素相互作用规律的基础上，优化环境参数和环境工程设施，使海水增养殖生物在可控的环境条件下进行生产，使其达到最高的生物生产力，并努力保护和改善环境与资源，使之可持续利用。通过各类海水增养殖生物在水域生态系统中的功能作用，进行重要水产生物资源的开发利用，监测和控制水体污染和富营养化及赤潮生物，对发展水产增养殖、改善水环境质量都具有重要的意义。