在研究海水养殖生物生理、生态学的基础上，研究科学的养殖模式和系统的规范化管理技术，解决规模化健康增养殖中出现的瓶颈问题；突破优质种苗培育和健康养殖关键技术，开发新的适于我国北方海区养殖的名优品种，拓宽养殖空间，发展产业新的增长点；开展健康、生态养殖模式技术研究，在传统养殖方式基础上，以基础设施改造为重点，推行无公害标准化、健康养殖，加强水产食品安全；开展养殖病害生态预防技术研究和推广工作，提高水生动物疫病防控能力。

结合海洋生物病害的主要病原微生物的生物学基础和感染机制，揭示海水养殖生物病害与海洋环境之间的关系，突破一些主要养殖动植物重大病害防治技术，进一步研究完善不同养殖对象健康养殖的产业化技术，并进行产业化转化。对发生的重大海水养殖动植物疾病进行分析，准确评估疾病发生发展趋势，科学指导重大疾病防控工作。推行生态防病、诊病技术，促进水产养殖向资源节约、环境友好的方向转变。